Tradicionalmente el origen y fundación del convento en el que se construyó la Iglesia de Nuestra Señora de la Merced va unido a la figura de San Pedro Nolasco, a quien el rey Fernando III de Castilla donó la basílica de Santa Eulalia tras la conquista de la ciudad y en la que fueron enterradas Santa Columba y Santa Pomposa, mártires de la Iglesia, para el asentamiento de la Orden Mercedaria en la ciudad de Córdoba.
La construcción de la Iglesia de Nuestra Señora de la Merced tuvo lugar entre los años 1716 y 1745. Es de planta de cruz latina inscrita en un rectángulo. Tiene cabecera plana -flanqueada por sacristías-, tres naves y crucero. Por encima de los arcos formeros, a lo largo de los brazos de la cruz, se abren tribunas. La nave central se cubre con bóveda de cañón con lunetos y los brazos del crucero lo hacen con cuartos de esfera divididos en tres gajos. Los elementos tectónicos se decoran con medallones policromados, donde aparecen bustos en medio relieve de los santos y beatos de la orden mercedaria enmarcados por ricas yeserías. Tiene un amplísimo coro alto cuyo antepecho se incurva para incorporar las tribunas de los órganos, desdichadamente perdidos. El testero del coro lucía una pintura mural de medio punto, que representaba la Aparición de San Rafael al beato Simón de Sousa realizada por José Ignacio de Cobo y Guzmán. Alrededor de 1770 se encargó a Alonso Gómez de Sandoval el retablo mayor, desgraciadamente desaparecido en un violento incendio de 1978. De los mismos años se conservan los altares laterales de Santa María del Socorro y Santa Mariana, obras hechas en estuco e igualmente relacionadas con Gómez de Sandoval, aunque están muy restauradas.
A los pies del Santísimo Cristo de la Merced, o Cristo de las Mercedes como también fue conocido en tiempos pretéritos, rezó Cristóbal Colón mientras esperaba ser recibido por los Reyes Católicos.
Desde el pasado 22 de junio del año de nuestro Señor de 2013 la hermandad tiene su sede canónica en esta Iglesia.
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